En 1945, durante un desfile de gigantes y cabezudos, los jóvenes que querían estar en el evento protagonizaron una reyerta en la plaza principal del pueblo, la Plaza del Pueblo. Había un puesto de verduras cerca, así que recogieron tomates y los usaron como armas. La policía tuvo que intervenir para disolver la pelea y obligó a los responsables a pagar los daños ocasionados. Esta es la más popular de muchas teorías sobre cómo comenzó la Tomatina.
Al año siguiente los jóvenes repitieron la pelea el mismo miércoles de agosto, solo que esta vez trajeron sus propios tomates de casa. Fueron nuevamente dispersados por la policía. Después de repetir esto en los años siguientes, se estableció la tradición. En 1950, el pueblo permitió que se realizara el lanzamiento de tomates, sin embargo, al año siguiente se volvió a suspender. Muchos jóvenes fueron encarcelados pero los vecinos de Buñol obligaron a las autoridades a dejarlos ir. El festival ganó popularidad con más y más participantes participando cada año. Después de los años siguientes se volvió a prohibir con amenazas de graves sanciones. En el año 1957, algunos jóvenes planearon celebrar “el funeral del tomate”, con cantantes, músicos y comedias. La atracción principal, sin embargo, fue el ataúd con un gran tomate dentro que era llevado por jóvenes y una banda que tocaba las marchas fúnebres. Teniendo en cuenta esta popularidad del festival y la demanda alarmante, 1957 vio que el festival se oficializaba con ciertas reglas y restricciones. Estas reglas han sufrido muchas modificaciones a lo largo de los años.