In 1945, tijdens een parade van gigantes y cabezudos, voerden jongvolwassenen die bij het evenement wilden zijn een vechtpartij uit op het belangrijkste plein van de stad, de Plaza del Pueblo. Er was een groentekraam in de buurt, dus pakten ze tomaten op en gebruikten ze als wapens. De politie moest ingrijpen om de strijd te breken en dwong de verantwoordelijken om de geleden schade te betalen. Dit is de meest populaire van de vele theorieën over hoe de Tomatina begon.
Het jaar daarop herhaalden de jongeren het gevecht op dezelfde woensdag van augustus, maar deze keer brachten ze hun eigen tomaten van huis mee. Opnieuw werden ze door de politie uiteengedreven. Na dit in de daaropvolgende jaren te hebben herhaald, werd de traditie gevestigd. In 1950 stond de stad de tomatenslinger toe, maar het jaar daarop werd het weer gestopt. Veel jonge mensen werden opgesloten, maar de bewoners van Buñol dwongen de autoriteiten hen te laten gaan. Het festival won aan populariteit met elk jaar meer en meer deelnemers. Na de daaropvolgende jaren werd het opnieuw verboden met dreigementen van zware straffen. In het jaar 1957 waren enkele jonge mensen van plan om “de begrafenis van de tomaat” te vieren met zangers, muzikanten en komedies. De belangrijkste attractie was echter de kist met een grote tomaat erin die werd rondgedragen door jongeren en een band die de begrafenismarsen speelde. Gezien deze populariteit van het festival en de alarmerende vraag, werd het festival in 1957 officieel met bepaalde regels en beperkingen. Deze regels hebben in de loop der jaren veel wijzigingen ondergaan.
